BAMetagenomes

Plateforme élastique d’analyse génomique et métagénomique rapide

L’objectif est de réaliser un nouveau système de gestion et d’analyse de données génomiques et métagénomiques afin de permettre l’identification et la diagnostic des populations microbiennes présentes dans les échantillons.

BAMetagenomes

Plateforme élastique d’analyse génomique et métagénomique rapide

L’objectif est de réaliser un nouveau système de gestion et d’analyse de données génomiques et métagénomiques afin de permettre l’identification et la diagnostic des populations microbiennes présentes dans les échantillons.

Cette plateforme pourra être utilisée par une large gamme de profils (laboratoires de diagnostic clinique, laboratoires de recherche dans des entreprises ou dans le secteur académique, ...). Les fournisseurs de base de données de référence seront également des parties prenantes importantes de ce nouveau système.

Le projet comporte deux aspects :

  1. un pipeline bioinformatique innovant permettant les analyses génomiques et métagénomiques ;
  2. une plateforme informatique élastique, intégrant le pipeline indiqué ci-dessus et permettant l’accélération matérielle de certains traitements sur FPGA, GPU et TPU.

Le projet BAMetagenomes permettra de valider un "Minimum Viable Product" de ce nouveau système.